神医毒妃林氏的结局是：林瑾瑜和君慕南在一起了，而其他人的结局如下：大皇子成了闲人，专注于寻找美食；二皇子叛变之夜被五皇子劈死；三皇子被老皇帝派间殿的人杀了；四皇子长驻冰川陪伴死了的白惊鸿；五皇子为了让自己的身世不成为染染的顾虑寻死；六皇子失忆了。